13 сентября 1994 года в 19:00 Тимофеев погиб при взрыве в автомобиле [[Mercedes-Benz CL-класс#Первое поколение (C140)|Mercedes-Benz 600SEC]], владельцем которого был предприниматель [[Бокарев, Андрей Рэмович|Андрей Бокарев]] (небронированное купе, сработало радиоуправляемое устройство) возле здания «[[Чара-банк]]а» на [[3-я Тверская-Ямская улица|3-я Тверской-Ямской улице]] в Москве (у дома № 46). По мнению одного из ближайших сподвижников ''Сильвестра'', бомба могла быть заложена в машину, когда она находилась в мойке. По оценкам специалистов [[ФСБ]], масса тротилового заряда, прикреплённого магнитом к днищу автомобиля, равнялась 400 граммам. Взрыв произошёл после того, как только ''Сильвестр'' сел в машину и начал разговаривать по телефону. Корпус сотового телефона отбросило взрывной волной на 11 метров<ref>{{cite web|url=http://www.newsru.com/crime/24apr2003/silvestre.html|title=Восемь бандитов в масках ограбили вдову криминального авторитета Сильвестра|website=[[NEWSru]]|date=2003-04-24|accessdate=2010-08-14|archiveurl=https://web.archive.org/web/20120117012530/http://www.newsru.com/crime/24apr2003/silvestre.html|archivedate=2012-01-17|deadlink=no}}</ref>.
Убийство ''Сильвестра'' нанесло колоссальный удар по всей [[Ореховская организованная преступная группировка|Ореховской ОПГ]]. Никто тогда точно не знал, кто мог совершить убийство, так как у ''Сильвестра'' было много врагов. Некоторые источники утверждают, что Сильвестра «заказал» сам Япончик или «свои». Также немало слухов ходило, что Сильвестра ликвидировала «[[Белая стрела]]». В 2011 году [[Экстрадиция|экстрадированный]] из Испании телохранитель «Оси» Марат Полянский указал на [[Буторин, Сергей Юрьевич|Буторина]] как на главного заказчика убийства Сильвестра<ref>[https://www.newsru.com/crime/19jul2011/silvestermurddet.html «Экстрадированный из Испании киллер „ореховской“ ОПГ сознался в убийстве её лидера Сильвестра»] {{Wayback|url=https://www.newsru.com/crime/19jul2011/silvestermurddet.html |date=20190329161302 }} newsru.com от 19 июля 2011 г.</ref>. Однако в приговоре<ref>{{Cite web|url=http://criminal.msk.ru/trial2.html|title=Приговор Буторину и Полянскому {{!}} Документы {{!}} Ореховская ОПГ|website=criminal.msk.ru|accessdate=2021-01-03|archive-date=2020-07-02|archive-url=https://web.archive.org/web/20200702021012/http://criminal.msk.ru/trial2.html|deadlink=no}}</ref> Сергею Буторину и Марату Полянскому нет ни слова об эпизоде со взрывомвзрыва автомобиля Тимофеева, поэтомув связи с чем не нетимеется юридических оснований утверждать, что за убийством Тимофеева стоит Буторин. Сведения о младшем брате Тимофеева обрываются в конце 2008 года. Согласно протоколам, младший брат Сильвестра погиб в результате пожара в квартире на Ленинском проспекте в Москве<ref>{{Cite web|lang=|url=https://www.mn.ru/newspaper/zoom/74861|title=Вал примитивного бандитизма|author=Марина Лепина|website=Московские новости|date=2011-10-25|publisher=|accessdate=2018-11-21|archive-date=2019-02-24|archive-url=https://web.archive.org/web/20190224001400/http://www.mn.ru/newspaper/zoom/74861|deadlink=no}}</ref>.
ПохороныОтпевание Сергея Тимофеева состоялисьпроходило 17 сентября 1994 года в Переделкинской церкви, похороны состоялись на {{МЗ|Хованском кладбище|на Хованском кладбище|Хованское кладбище}} в Москве, отпевание проходило в Переделкинской церкви<ref>{{Cite web|lang=ru|url=https://zen.yandex.ru/media/id/5ff31c4a1660cc5b9cf8243c/gibel-silvestra-ctatia-v-mk-ot-27-sentiabria-1994-goda-mersedes600-ne-roskosh-a-sredstvo-peremesceniia-na-tot-svet-61459e67480cbf493dfcb74f|title=Гибель Сильвестра. Cтатья в МК от 27 сентября 1994 года. Мерседес-600 не роскошь… А средство перемещения на тот свет?|website=Яндекс Дзен {{!}} Блогерская платформа|access-date=2021-09-21|archive-date=2021-09-21|archive-url=https://web.archive.org/web/20210921181444/https://zen.yandex.ru/media/id/5ff31c4a1660cc5b9cf8243c/gibel-silvestra-ctatia-v-mk-ot-27-sentiabria-1994-goda-mersedes600-ne-roskosh-a-sredstvo-peremesceniia-na-tot-svet-61459e67480cbf493dfcb74f|deadlink=no}}</ref>.
У Сергея Тимофеева остались сын и дочь.
В 2014 году состоялось интервью его вдовы Сергея Тимофеева — Любови Тимофеевой, которая передала журналистам неизвестные ранее фотографии супруга и поделилась своими воспоминаниями о нём<ref>{{youtube|Ow403NU4hBk|Вдова лидера «ореховских» рассказала о жизни с «Сильвестром»}}</ref>.
